Autonomiseen hallintoalueeseen kuuluu seitsemän aluetta: Afrinin kaupunki ja piirikunta, Jaziran piirikunta, Eufratin piirikunta sekä Raqqan, Tabqan, Manbijin ja Deir Ez-Zorin kaupungit, joilla on omat aluehallintonsa. DAANESin verkkosivujen mukaan aluehallinnot koostuvat lainsäädännöllisestä, toimeenpanevasta ja oikeudellisesta neuvostosta. Nämä ohjaavat ja valvovat neljää alaosastoa, eli piirikuntia (canton), seutukuntia (district), alaseutukuntia (subdistrict) ja kommuuneja (kommune). Kommuunit, jotka muodustuvat niiden hallinnollisten ja maantieteellisten rajojen sisällä asuvien perheiden joukosta, toimivat lähimpänä ruohonjuuritasoa ja ovat perusta kansalaishallinnolle. Neuvostoissa naisilla on 50 prosentin edustus, ja rinnakkaispuheenjohtajuuden mukaisesti mies ja nainen toimivat yhdessä puheenjohtajina. Tasa-arvo on DAANESin demokraattisen konfederalismin ydintä.
Jokainen hallinnon taso muodostuu kymmenestä paikallisesta komiteasta. Ne ovat paikallishallinto, sisäasiainhallinto, sosiaaliasiat ja työ, naiset, koulutus, talous ja maatalous, rahoitus, kulttuuri ja taide, terveys ja ympäristö sekä nuoret ja urheilu. Kukin komitea raportoi ylemmälle taholle ja koordinoi toimintaa sen kanssa.
Demokraattisen konfederalismin periaatteet
DAANESin hallinto perustuu demokraattiseen konfederalismiin, jonka on kehittänyt Kurdistanin työväenpuolue PKK:n johtaja Abdullah Öcalan. Turkki vangitsi Öcalanin vuonna 1999 CIA:n ja Mossadin avustuksella. Demokraattisella konfederalismilla
tarkoitetaan demokraattisen itseorganisoitumisen järjestelmää, joka perustuu autonomialle, suoralle demokratialle, poliittiselle ekologialle, feminismille – erityisesti Rojavassa kehitetylle jineolojîalle –, monietnisyydelle, itsepuolustukselle, itsehallinnolle ja osuustoiminnalliselle taloudelle.
Demokraattinen konfederalismi on yhteiskunnan eettinen, poliittinen ja hallinnollinen ilmaus historiallisena ja yhteiskunnallisena rakenteena. Siinä eri identiteetit, suuntaukset ja ryhmät ovat yhtä aikaa vuorovaikutteisessa sopusoinnussa. Tällä ei viitata valtiorakenteeseen, vaan yhteiskunnallisten rakenteiden yhteenliittyneeseen kokonaisuuteen. Demokraattisen konfederalismin keskeiset piirteet voitaneen Öcalanin oman kirjoituksen mukaan tiivistää näin: valtiottomuus, suora demokratia, naisten yhdenvertaisuus ja ekologia.
DAANESin 134 artiklaa sisältävän yhteiskuntasopimuksen peruskirjassa kiteytetään:
”Me, Pohjois- ja Itä-Syyrian tyttäret ja pojat – kurdit, arabit, syyrialaiset assyrit, turkmeenit, armeenit, tšerkessit, tšetšeenit, muslimit, kristityt ja jesidit – olemme tietoisia ja uskomme marttyyrien (kamppailussa menehtyneiden) meille asettamaan velvollisuuteen ja vastaamme kansojemme vaatimuksiin elää ihmisarvoista elämää. Vastauksena syyrialaisten tekemiin suuriin uhrauksiin kokoonnuimme yhteen luodaksemme Pohjois- ja Itä-Syyriaan demokraattisen järjestelmän, joka muodostaa perustan tulevan Syyrian rakentamiselle ilman rasistisia suuntauksia, syrjintää, syrjäytymistä tai minkään identiteetin marginalisointia.”