1950–1970-luvuilla kolonialismin vastainen ajattelu pyyhälsi Afrikan halki Euroopan valtojen vetäytyessä maanosasta. Neuvostoliiton tuki afrikkalaisille vapautusliikkeille nähtiin Pretoriassa kommunistisen laajentumisen uhkana.

Israelista ydinasekumppani 

Etelä-Afrikka oli löytänyt merkittäviä uraanivaroja 1940-luvulla, ja se aloitti uraanin louhinnan vuonna 1952. Uraania myytiin Yhdysvalloille ja Britannialle niiden ydinaseohjelmiin.

Sekä Mosambik että Angola (jälkimmäinen rajoittui Etelä-Afrikan miehittämään Namibiaan) saavuttivat itsenäisyyden vuonna 1975, ja niitä johtivat kommunismin inspiroimat hallitukset. Kuubalaisten asevoimien saapuminen Angolaan vuonna 1976 vasta itsenäistyneen valtion tukemiseksi sai Etelä-Afrikan valkoisen hallinnon kauhun valtaan. Angolaa  johti Angolan vapautuksen kansanliike.

Hallinto päätti toteuttaa nopean ohjelman ydinaseiden kehittämiseksi. Tässä se turvautui lähimpään ideologiseen liittolaiseensa Israeliin.

Salaiset neuvottelut alkoivat vuonna 1975, ja Israel tarjosi Jeriko-ohjuksiin kiinnitettäviä ydinkärkiä. Etelä-Afrikka kieltäytyi, osittain kustannusten vuoksi. Vuonna 2006 julkistetut asiakirjat paljastavat Etelä-Afrikan ja Israelin välisten neuvottelujen intensiivisen salailun. Ne ovat myös ensisijaisia lähteitä, jotka vahvistavat Israelin oman ydinaseohjelman olemassaolon. Israel ei ole koskaan avoimesti myöntänyt, että sillä on ydinaseita. Lisäksi se yritti estää Etelä-Afrikkaa poistamasta asiakirjojen salassapitomerkinnät, mutta epäonnistui.

Ydinkoekin yhdessä

Sotilaallinen ja ydinyhteistyö Israelin kanssa jatkui 1970- ja 1980-luvuilla. Etelä-Afrikka toimitti Israelin ydinfuusio-ohjelmaan uraanirikastetta, ”keltakakkua”, ja Israel toimitti radioaktiivista isotooppia tritiumia, joka on välttämätön tietyille ydinaseille.

Israel ja Etelä-Afrikka todennäköisesti tekivät yhteistyötä myös Israelin ydinkokeessa 22. syyskuuta 1979. Tätä ei ole koskaan virallisesti vahvistettu, mutta näyttö maiden välisestä yhteistyöstä on vahvaa. Tapauksen havaitsi yhdysvaltalainen satelliitti kaksoisvälähdyksenä valtameren yllä Afrikan ja Etelämantereen välillä. Tuona päivänä Etelä-Afrikan rannikon meritukikohdissa oli otettu käyttöön erityiset turvatoimenpiteet.

Etelä-Afrikan ydinaseiden tutkimus ja kehittäminen tapahtuivat Pelindaban ja Kentron Circlen laitoksissa lähellä Pretoriaa. Pelko vapautuneista naapurivaltioista ja kasvavasta apartheidin vastaisesta liikehdinnästä kotimaassa sai apartheidhallinnon kehittämään ydinaseita, mutta hankkeen strateginen tarkoitus jäi epämääräiseksi.

Julkistetuista Etelä-Afrikan ja Israelin asiakirjoista paljastuu vainoharhainen Pretoria, joka pelkäsi taktista ydinhyökkäystä ”viholliselta, joka ottaa afrikkalaisen identiteetin, kuten terroristijärjestöt tai OAU:n ’vapautusarmeija'”. OAU on lyhenne sanoista Organisation of African Unity.

Presidentti P. W. Botha julisti myöhemmin mahtipontisesti salaisessa seremoniassa, että ydinaseet palvelivat ensisijaisesti poliittisia, eivät sotilaallisia tarkoituksia: ”Vaihtoehto Etelä-Afrikan tasavallalle määritellä olemassaolon oikeutuksensa suurvaltojen neuvottelupöydässä, kun ydinpelottelustrategia on sen perustana.”

Etelä-Afrikka luopuu ydinasepelotteesta

Apartheidin viimeinen presidentti F. W. de Klerk purki olemassa olleet kuusi ydinasetta vähän ennen muutoksia, jotka johtivat neuvotteluihin demokraattisesta Etelä-Afrikasta.

Salaisen ydinaseohjelman lopettamiseen oli useita syitä. De Klerkin hallitus halusi siivota maan maineen kansainvälisen yhteisön silmissä nyt, kun apartheidhallinnosta oli päästy eroon. Samalla kylmä sota oli päättymässä, ja ydinaseiden merkitys väheni. On myös väitetty, että valkoiset hallitsijat halusivat hävittää ydinaseet rasistisista syistä: he eivät halunneet tulevan mustan enemmistöhallituksen saavan niitä.

Pretoria päätti säilyttää 220 kilogrammaa korkeasti rikastettua uraania (HEU) aseohjelmasta. Huolimatta Yhdysvaltojen yrityksistä hankkia tämä materiaali demokraattisen Etelä-Afrikan hallitus korosti, että se käyttää rikastettua uraania ainoastaan rauhanomaisiin tarkoituksiin ja että sen mahdollinen käyttö tuleviin kaupallisiin tarkoituksiin tekee siitä arvokkaan omaisuuden. Osa uraanista on hallituksen mukaan muunnettu lääketieteellisten isotooppien tuotantoon. Pelindaba-laitoksen turvallisuutta, jossa uraania säilytetään, on parannettu. Materiaali on Kansainvälisen atomienergiajärjestön IAEA:n jatkuvan valvonnan alaisena.

Etelä-Afrikka on myös sitoutunut vuoden 2009 Pelindaba-sopimukseen, joka kieltää ydinaseiden kehittämisen, valmistuksen, varastoimisen, hankinnan, testaamisen, hallussapidon tai käyttöönoton kaikkialla Afrikassa. Toistaiseksi sopimuksen, jonka tavoitteena on tehdä Afrikasta ydinaseeton vyöhyke, on allekirjoittanut 51 Afrikan valtiota 54:stä.